夜色沉沉的东京新宿站，劳碌一天的人们依旧行色匆匆，仿佛从不知停歇的工蜂。然而却有一群正处在青春期的女孩绽放着无忧无虑的笑容。她们身穿着不同款式的校服，似乎早已约好一般同时来到这里，女孩们在月台前一字排开，手拉手齐齐跳向飞驰而来的列车。一时间血光四溅，54个鲜活的生命瞬间消失。 

十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为正义的伙伴，而每日不停的进行魔术锻炼。偶然的一天，士郎被卷入了称为圣杯战争的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位英灵结成契约。所谓圣杯战争，胜利者可以获得圣杯来实现任何愿