千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈

因为工作的缘故，光月未梦（名冢佳织 配音）的父亲和母亲要远赴美国，两人将未梦托付给了西园寺家，在那里，未梦结识了西园寺家的儿子西园寺彷徨（三瓶由布子 配音）。之后，彷徨的父亲又因故外出，留下未梦和彷徨看家，就这样，两人开始了朝夕相处的生活。